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祁连山自然保护区森林病害主要为青海云杉叶锈病、云杉落针病、云杉叶枯病、山杨黑斑病、山杨烂皮病、山杨毛毡病、山杨叶锈病、山杨缩叶病、桦木叶瘿螨、山柳枝枯病、青海杜鹃叶锈病、银露梅枝枯病等。发生面积最大，程度最严重的是青海云杉叶锈病。在1990s以来，因气候多为干旱年份，不适宜于病原菌流行，侵染性病害发生面积减少，而青海云杉林衰退病大面积发生，对森林健康产生严重不利影响。