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通过对栉孔扇贝、华贵栉孔扇贝及其两者的种间杂交子代、种内交配子代的ISSR标记分析，研究了4种子代群体之间以及子代群体与共享亲本个体间的遗传关系。使用3组ISSR引物，得到清晰的扩增位点169个，平均多态位点检出率66．44％。分析结果显示：杂交子代个体中具有来自父母本的扩增位点，表明杂交子代确为杂种；杂交子代群体不仅具有较高的遗传多样性，而且在与亲本个体和其他子代群体问的遗传关系上表现出与种内交配子代的明显差异；另外杂交子代与2种亲本的遗传关系上并不对等，表现出明显的倾向性，更加偏向于母本一方。