水资源税费改革是我国生态文明建设的重要措施。首先,本文从水资源税的基础理论出发,认为水资源税的征收依据出于受益原则、公平原则、补偿原则和效率原则。在此基础上,分析论证水资源税的多重内涵。其次,以此为依据,制定多层水资源税体系:第一层是资源地租;第二层是稀缺价值;第三层是经济调节。对于水资源相对丰富的区域,可以只收取第一层的水资源税;对于水资源相对稀缺的地区,则收取第一层和第二层的水资源税;对于水资源严重稀缺,并对经济和环境造成巨大影响的区域,要收取三个层次的水资源税。再次,利用数量经济模型给出每个层次水资源税的计算方法,分别利用基于投入产出模型结构分解分析计算的农业节水成本表征资源地租;利用可计算一般均衡模型计算水资源稀缺机制;利用影子价格表征经济调节税。最后采用山西省煤炭行业的水资源税改革为例进行研究,并提出了三阶段水资源税征收方案。