农民对土地财产权利的实现，必须要有农民民主权利的落实为保障。为了真正保护好农民的土地权益，确保新农村建设的基本条件，一项紧迫的任务是要加强现阶段农村土地法律上的所有者——村、组集体的民意基础，使其成为真正代表农民利益的权利主体。正如上文所指出的，新农村建设必须充分发扬基层民主，重视基层民主建设。
　　作者们进一步认为，中国农村现有的基层组织不适合领导新农村建设，要依靠农民选出来的指导者来领导项目的实施。但是，根据《村民委员会组织法》，村民委员会主任、副主任和委员是由村民直接选举产生的。尽管还存在种种不足，“直选村官”的探索已经取得了一定的成绩。
　　在新农村建设中，绕过村委会，另起炉灶，在可操作性和合法性上都存在问题。较为可行的，是在现有的组织和制度框架内，改革和完善乡村治理结构，建立起一种有效的民主制衡机制，使民主选举和民主决策、民主管理、民主监督真正结合起来。
　　一些地方采取“议行分离”的方法，使村政村务的决策权与行政权分离，做实村民代表大会制度或成立村民理事会，将其塑造成行政村的议决机关，而原来的权力机关村委会则成为具体的执行机构。也是就说，村代会或村民理事会行使决策权，村委会行使执行权，村庄的重大事项由村民代表会议或理事会商议决定后，交由村委会实施，村代会或村民理事会行使对村委会的监督权。
　　这样，由村代会或村民理事会对执行机构（村委会）进行有效的监督和制约，可以防止违背民意、权力腐败等问题的发生。没有村民代表会议或者村民理事会的表决通过，任何集团或个人都不能剥夺农民的土地。由此，村干部从与企业、地方政府合谋，转为受社区成员监督，从而能够落实农民群众在新农村建设中的受益主体和参与主体的地位，保护农民的合理权益，缓解目前大量存在的激化了的矛盾，维护农村社会的长期稳定。