邀请110位在长江上游地区开展生物多样性研究与保护的专家,分4个阶段进行了参与式研讨,采用生态区保护方法确定了兽类、鸟类、两栖和爬行类、昆虫、真菌和维管植物等生物类群的指示物种和保护优先区,最后确定了长江上游森林生态区内16个生物多样性保护优先区和5个连接带。16个优先区中,7个具有最高优先性,即秦岭、大巴山、金佛山-梵净山-武陵源区、岷山、邛崃山-大相岭、贡嘎山、三江并流核心区;9个具有高优先性,即伏牛山、米仓山、若尔盖高原、凉山、攀西地区、中甸-木里地区、川西北高原、金沙江上游高山峡谷区、怒江—澜沧江高山峡谷区。目前这些优先区及连接带内保护区的分布很不平衡:某些优先区和连接带内保护区面积所占比例很小甚至没有保护区分布;某些优先区人为干扰比较强烈,生境破碎化比较严重。建议通过新建自然保护区和调整已有的保护区,填补保护空缺,完善自然保护区系统;结合国家重点生态建设工程和生物多样性保护行动,保护天然林,恢复退化植被,在优先区和连接带内限制人类经济活动,以确保优先区和连接带发挥应有的生态功能。