适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价

来源 :作物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：wangaimin143074

【摘要】

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利用全基因组SNP信息,筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合,可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段。本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质

【作者】

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朱国忠张芳付洁李乐晨牛二利郭旺珍

【机构】

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南京农业大学/作物遗传与种质创新国家重点实验室/杂交棉创制教育部工程研究中心

【出处】

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作物学报

【发表日期】

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2018年11期

【关键词】

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DNA芯片指纹图谱 SNP 核心位点陆地棉 DNA array fingerprint SNP core loci Upland cotton

【基金项目】

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本研究由国家重点研发计划项目(2017YFD0102000)和江苏现代作物生产协同创新中心(No.10)项目资助

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利用全基因组SNP信息,筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合,可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段。本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质进行SNP分型。以南京农业大学陆地棉TM-1基因组Gossypium hirsutum(AD1)genome NBI v1.1版本为参考序列,对SNP位点进行注释。结果表明,93.85%(72 990/77 774)的位点检出率超过99%,61 595(79.20%)个SNP位点具有多态性,其中76.32%(47 009)的位

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