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对从试验大鼠肝脏内分离的巨颈囊尾蚴样品用线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基（cox1）的部分基因（pcox1）进行PCR扩增、测序及应用Clustal X2．0程序结合MEGA4．1软件进行序列比对，并与GenBankTM上相关序列进行比对分析，结果表明，所得pcox1序列长度一致，均为449bp，并用BLAST分析结果鉴定是巨颈绦虫，并与GenBankTM公布的相近绦虫序列进行比较分析，结果表明，巨颈绦虫pcox1序列种内相对保守，种间差异明显。本研究为进一步研究巨颈绦虫的群体遗传学奠定了基础。