目的:了解重庆市农村地区患者住院服务利用的现状,研究影响患者住院选择的因素,探索卫生资源浪费的原因及解决方法。方法:从重庆市黔江区2009年新型农村合作医疗保险数据中,根据出院诊断提取呼吸系统疾病的住院患者信息,描述县乡两级呼吸系统疾病的住院现状,利用单因素分析和Logistic回归分析影响患者县乡两级住院的因素。结果:儿童和老年人是呼吸系统疾病住院的主要群体,肺炎、慢性支气管炎急性发作和急性气管炎/支气管炎是呼吸系统疾病的3种主要住院疾病;乡镇卫生院的次均住院费用、次均药品费用与县级机构相同,但平均床日费用高于县级医院。就诊类型、不同年龄组和距医疗机构的距离组别在乡县两级机构就诊选择上有统计学差异,疾病种类和是否患有慢性病无差别;年龄组、住院时间组和是否年内首次住院对患者在乡县两级机构的住院选择起主要作用。结论:乡镇卫生院利用率较高;客观因素对患者的住院选择无归因影响,患者自身特征影响患者的住院选择。