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生殖器疣主要通过性接触传播，围产期垂直传播率为0～80.9％，自体接种少见，而污染物和血液传播、宫内感染尚未经证实。新生儿口咽标本HPV DNA阳性可能仅表示母亲感染细胞的污染，均在生后5周转阴。未经治疗的生殖器疣可自行消退、增大或保持不变，约10％～30％损害在3个月内消退。约70％的宫颈HPV感染在1年内消退，2年与5年的清除率分别为91％、92％。