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《中国近代思想与学术的系谱》一书主要探讨的是从道光到1930年代约100年间的思想学术变化中的几个问题。该书清楚地分为三编：从“旧典范的危机”到“传统与现代的辩证”，再到“新知识分子与学术社群的建立”。这三编实际上是问一个问题，即现代中国社会和思想文化的形成。与此相呼应的其他论文，也是试图探讨现代中国历史三千年未有之大变革。