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人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)是乳多空病毒科的一种具有圆形二十面体结构的双链DNA病毒.近年来,基于第二代测序技术的病毒宏基因组学逐渐兴起,它可以直接获得特定环境中的全部病毒核酸信息,并对其进行序列进化分析.可用于研究环境中病毒的多样性、未知病毒的鉴定、实时监测病毒的变异情况以及发现可能存在的新病毒.本文主要就近年来病毒宏基因组学及其相关检测方法在HPV感染相关性疾病的研究进行综述,以期为HPV相关疾病的检测提供新的思路.