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电算化会计与手工会计对会计信息的控制有很大的不同。手工会计主要采用结构控制方法，包括设置相互牵制和制约的岗位，通过对会计业务的多重反映或者相互稽查关系进行控制，比如：总账、明细账、日记账分别记录，结果相互验证，通过对账和内部审计进行账证核对。然而在会计电算化环境中账账核对已失去意义，对输入凭证的审核成为控制的重点，人员分工要通过系统的授权管理才能实现，数据处理流程要由计算机系统来控制等等，计算机会计系统内部控制的内容更为广泛，技术要求也更高。