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利用比较分子相似性指数分析（CoMSIA）方法，结合黄酮类化合物含有较多羟基、易形成较强分子内氢键的特点，建立了黄酮类化合物色谱保留时间与其三维结构的关系模型，以探讨黄酮类化合物色谱保留时间预测的新方法。模型交叉验证相关系数q2值为0．705，非交叉验证相关系数r2为0．981，表明模型具有较好的预测能力。该研究结果对进一步开展黄酮类化合物液相色谱保留参数与三维结构关系的研究提供了思路和方法。