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基于不同的办学历史、办学基础、办学理念和办学定位，地方本科高校在实现其科学发展的进程中面临着不同的制约和束缚，归纳起来主要有以下五个方面：办学定位和办学特色、教学科研协调、教学改革和人才培养模式创新、服务地方经济社会发展、财务风险和经费筹集。其中前四个问题，核心在于对办学理念、定位和特色的认识，而最后一个问题则是十余年来高校扩招特定背景下产生的普遍性问题。地方本科高校乃至整个高等教育要想实现科学发展，必须从战略上思考并解决以上问题。