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对一套玉米同核异质不育系及保持系（包括N48-2、T48-2、C48-2、S48-2）的线粒体DNA进行了扩增片断长度多态性（AFLP）分析比较。从选择性扩增产物中筛选到了一条C48-2所特有的差异条带C48-223。对C48-223进行克隆、测序分析表明,它是玉米C型细胞质雄性不育线粒体atp6基因编码序列的一部分。Southern、Northern杂交分析证实了C48-223在C48-2线粒体上的特异性。这说明该差异片段有可能同C型细胞质雄性不育性状的表现有关。