目的研究分析蛋白质组学技术下人皮肤鳞状细胞癌细胞和基底细胞癌细胞中的差异蛋白质。方法选取购自美国菌种保藏中心的皮肤鳞状的细胞癌的细胞系A-431和皮肤基底的细胞癌的细胞系TE354.T,首先对细胞进行培养,等到细胞生长到培养瓶面的面积91%时候,提取样品的蛋白,使用Bradford方法检测样品蛋白蛋白质的浓度;通过IPG预制的干胶条重水化,进行等电聚焦电泳,并制作11%聚丙烯酰胺凝胶,而后平衡IPG的胶条,随后进行第二向的垂直板的SDS-PAGE电泳,使用考马斯亮兰的染色法对交替进行染色,使用扫描仪对图像进行扫描,得到样品蛋白的双向凝胶点用的图谱,分析图谱找到蛋白质点的差异。结果鳞状细胞系(A-431)的蛋白液在595 nm波长内吸光度为1.104,带入方程计算得出蛋白质的浓度是1150.7μg/ml;基底细胞系(TE.354.T)在595 nm波长内吸光度为0.898,带入方程计算得出蛋白质的浓度是936.1μg/ml。对2种细胞系蛋白双向凝胶电泳的图谱对比分析,在2组凝胶内共有19个蛋白质的斑点表达,差异显著,具有统计学意义(P <0.05),其中在鳞状癌细胞内表达下降有2个蛋白,在鳞状癌细胞内表达上升有13个蛋白,基底的癌细胞内没有检测出有4个蛋白。结论基底细胞系与鳞状细胞系内提取蛋白样品进行的双向电泳图谱内有差异存在,这些差异的蛋白质是影响2种肿瘤在转移方面存在差异的主要因素。