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以阿拉尔垦区棉花为试材,采用高通量测序方法研究棉花根系组织和根际土壤的细菌群落组成及其生态功能.结果显示,棉花根际土壤细菌丰富度指数(Chao1)和多样性指数(Shannon)显著大于根系组织内生细菌丰富度指数(Chao1)和多样性指数(Shannon).棉花根际土壤中细菌的各分类水平(门、纲、目、科、属)数量大于棉花根系组织中的数量.物种注释结果表明,根系组织和根际土壤两个微环境优势菌群明显不同.棉花根系组织和根际土壤优势菌群不一样,对生物防治菌种筛选有一定的指导作用.