本研究应用新一代高通量测序技术454GS FLX Titanium对2年生丹参根的转录组进行测序,研究其基因表达谱,挖掘其功能基因。获得46722表达序列标签(express sequence tags,EST),序列平均长度414bp,与Sanger测序的长度相当。所得序列与GenBank丹参EST合并拼接,获得18235条unigene,其中,454高通量测序发现了13980条新的unigene。数据库中的序列同源性比较表明,其中73.0%(13308条)与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。通过BLAST与Gene Ontology分析获得了可能参与丹参酮合成的序列27条(编码15个关键酶),参与丹酚酸合成的序列29条(编码11个关键酶),细胞色素P450序列70条,转录因子序列577条。454高通量测序技术作为药用植物功能基因组研究的重要手段可在丹参功能基因的发现中发挥重要作用,这些基因的发现为丹参酮和丹酚酸类化合物生物合成研究奠定了基础,同时也为丹参的转录组研究提供了基础数据。