凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析

来源 :海洋学报(中文版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：jason008_xu

【摘要】

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凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST（expressed sequence tags）测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能

【作者】

：

孙政柳承璋李富花张晓军张俊彬相建海

【机构】

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上海海洋大学水产与生命学院,中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室

【出处】

：

海洋学报(中文版)

【发表日期】

：

2013年5期

【关键词】

：

凡纳滨对虾 EST 基因组织特异性表达 Litopenaeus vannamei EST tissue-specific gene expression

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凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST（expressed sequence tags）测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础，本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法，并对公共数据库中161241条凡纳滨对虾EST序列进行分析，获得了20410条unigenes，包括14236条contigs和6174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7984条，并对其余12426条未知基因中的

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