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跨学科科研组织发展产生了多种创新协作形式,但在跨学科组织运行与管理过程中还面临诸多困境。笔者认为困境形成的主要原是学科链并未形成,导致知识流动不足;组织管理机制不健全,影响了内部活力的迸发;合作认定以及成果认定的边界模糊。而促进跨学科组织内部学者之间的交流与合作、建立学科学术资源共享机制是推动跨学科组织发展的可行策略。