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随着分子生物技术的发展，不可培养微生物多样性研究的难题得到了解决。肠道微生物处于特殊的生态环境条件下，分子生物学技术的应用使得肠道微生物多样性的研究进入了一个崭新的阶段。本文主要介绍了基于16SrRNA基因片段的一些肠道微生物研究工作中常用的分子生物学分析方法，主要包括变性梯度凝胶电泳（DGGE）．温度梯度凝胶电泳（TGGE），单链构象多态性（SSCP），限制性片段长度多态性（RFLP），放大片断长度多态性（AFLP）和随机扩增多态性DNA（RAPD）等指纹图谱技术。