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在对中国工程物理研究院高功率太赫兹（THz）自由电子激光（FEL）装置理论分析和设计的基础上，针对目前THz FEL光腔设计面临的主要难点，提出了椭圆型耦合输出光腔的设计方案，并对椭圆型耦合输出光腔代替传统FEL光腔的优势、光腔品质、耦合效率等进行了分析研究。研究表明，椭圆型耦合光腔的设计更适合目前THz FEL波导光腔的光斑特点，可使光腔输出功率提高33%以上，输出耦合效率即光腔品质可提高30%~70%；随着辐射频率的提高，椭圆孔耦合输出光腔的优势提高更为明显。