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据分析,引起断奶仔猪多系统衰弱综合征的主要病源为圆环病毒2型感染,同时圆环病毒2型也常常与猪繁殖与呼吸综合征病毒、细小病毒等发生混合感染,此外,断奶仔猪多系统衰弱综合征还常常会引起副猪嗜血杆菌、支原体、胸膜肺炎放射杆菌、多杀性巴氏杆菌以及链球菌等继发感染。而进一步的深层次分析,断奶仔猪多系统衰弱综合征的发生还与规模养猪场对断奶仔猪饲养管理、饲喂断奶仔猪饲料中营养物质平衡和饲料中霉菌毒素的影响等有关。