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目的 应用蛋白质组学方法筛选出特发性间质性肺炎(idiopathic interstitial pneumonia,IIP)相关蛋白质,为阐明IIP的发病机制和预后提供理论依据.方法 收集8例通过局部麻醉小切口开胸肺活检获取的新鲜肺组织及5例远离肺部良性病变的肺组织,采用双向凝胶电泳(2-DE)分离组织总蛋白,运用Imagemaster 2D 5.0图像分析软件识别差异表达的蛋白质点,应用基质辅助电离解析飞行时间质谱获取肽质量指纹图谱,检索数据库鉴定差异表达的蛋白质点,明确其生物学功能.利用Western blot和RT-PCR技术检测差异蛋白在IIP患者肺组织和正常肺组织的表达.结果 建立双向电泳图谱,鉴定出7个表达量有明显差异的蛋白质点,包括热休克蛋白70、AnnexinⅡ和Haptoglobin等.Western blot和RT-PCR技术证实IIP组AnnexinⅡ表达下调,与2-DE结果一致.结论 建立重复性较好的IIP患者肺组织与正常肺组织双向电泳图谱,并鉴定出一些与IIP发病机制相关的蛋白质.本实验所证实的AnnexinⅡ差异表达蛋白质可能通过引起纤溶系统的失衡来参与IIP的发生和发展,从而为进一步阐明IIP的发病机制提供重要方法和新线索。