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提出了基于Levenberg-Marquardt(LM)算法的BP神经网络对蛋白质序列进行家族分类的新方法.该方法采用二肽含量对蛋白质序列进行特征提取,根据影响因子评价特征的相对重要性,用改进的BP神经网络LM优化算法构造一个三层人工神经网络.通过对PIR数据库中三类家族的学习,该网络对未知蛋白质序列分类的准确率分别达到了98.9%,98.1%,97.8%.