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通过对1980～2005年国家财政科技投入和经济增长的协整性及因果关系进行的分析表明：两者之间只存在单向因果关系，即财政科技投入是经济增长的原因。造成该结果的原因主要是：经济总量基数小，质量不高，产业结构不合理。为此，建议政府增加研发投入总额，优化财政科技投入结构，创新管理机制，建立多渠道多形式投资体系，转换经济增长方式。