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张志南教授主要研究领域包括底栖生态、生物多样性、海洋生态动力学(水层一底栖耦合)和海洋线虫的系统分类学。先后主持完成20余项国家级和部委级科研项目,包括8项国家自然科学基金。主持完成中英合作两项、中法合作1项。参与主持中美、中日合作各1项。在国内外学术期刊上发表论文150余篇,其中被SCI收录40余篇。译著一部,参编专著10余部。先后获省(部委)级一、二等奖多项。