高通量的新一代测序技术在基因表达、注释和突变筛查等方面显示了强大的应用前景。本文应用454公司的高通量测序系统GS FLX对栉孔扇贝的转录本进行了测序分析,首次将新一代测序技术应用于贝类的基因和突变筛查。分别提取栉孔扇贝不同发育时期幼虫以及成体各组织总RNA,利用SMART技术反转录获得全长cDNA,并对幼虫和成体各组织cDNA进行了识别标记,经过超声波打断、接头连接和PCR扩增后获得454测序文库。测序后共得到568,456个序列,平均读长202bp,去除短读长序列和接头序列后的有效碱基总数为110,672,193bp。经过初步的生物信息处理,对436,872条有效序列拼接得到38,645个contigs,碱基总数为19,133,764 bp,平均覆盖度约为3X。获得超过20,000个SNP位点。目前正在进行SNP位点验证和基因注释,以及不同标记样本间的基因表达差异分析。该研究为栉孔扇贝基因表达调控研究提供了大量基础数据。