SSR(simple sequence repeat)标记是一种较为新型的分子标记,因其具有共显性、等位基因变异多,信息含量高,操作简便,稳定性、重复性好等优点,近年来在食用菌的种质资源评价、指纹图谱和遗传连锁图谱构建方面得到了广泛应用。本研究通过扫描黑木耳全基因组序列获得SSR位点并设计引物,从PAGE胶的浓度,加样量和染色方法等方面对SSR电泳条件进行试验,确定黑木耳SSR分子标记最佳电泳用条件为:凝胶为8%非变性丙烯酰胺凝胶,上样量为100ng～200ng(溶液浓度×加样体积),银染方法为Sanguinetti法;并筛选出43对扩增条带清晰、多态性强的SSR引物对20份国家认定菌株,12份常用栽培菌株和28份野生菌株进行种质资源评价研究。结果表明:43对引物在60份黑木耳种质资源中共检测到317个等位变异,每个位点的等位变异数为2～20个,平均为7.4个,共有多态性位点313个,占总检测位点数的98.7%,证明基于全基因组开发的SSR分子标记具有等位变异丰富、多态性好等优点,适合黑木耳种质资源评价的研究;此外,开发了利用SSR分子标记鉴定黑木耳单核菌株的方法,丰富了黑木耳单核菌株鉴定手段,提高了鉴定的准确度;并利用SSR分子标记构建遗传连锁图谱,得到与朵型性状相关联的SSR-375,为木耳朵型定向育种模型建立奠定了基础。