芦笋(Asparagus officinalis L.)全基因组序列2017年11月已正式公布,本研究中利用芦笋基因组数据,在全基因组范围内开发分布相对均匀、物理位置明确的基因组SSR,以期为芦笋后基因组学研究与分子育种奠定基础。芦笋基因组序列下载自NCBI,以MISA(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)为核心程序搜索分析SSR,自编Perl脚本程序分析SSR在基因组上的分布特征,Primer 3软件(http://bioinfo.ut.ee/primer3/)设计SSR引物,并随机选择24个SSR标记对芦笋栽培品种‘台南选3号’与近缘野生种兴安天门冬进行PCR检测,遗传多态性分析。在芦笋全基因组范围一共鉴定出110320个SSR,其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸、七核苷酸、八核苷酸、九核苷酸重复单元的SSR数分别为7 998(7.25%)、70 854(64.23%)、11 721(10.62%)、3 716(3.37%)、5 201(4.71%)、3 889(3.53%)、4 415(4.00%)、1 341(1.22%)、1 185(1.07%),同时以混合型形式存在的SSR多达29 040个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含C/G重复单元的SSR频率最低。SSR主要分布在基因间隔区,其次在基因内含子区域,基因UTR、外显子区域SSR密度最低。利用这些SSR序列共设计出70082对SSR引物。24个SSR标记PCR检测,其中21个SSR标记能扩增出清晰、稳定的DNA条带,9对SSR引物在‘台南选3号’与兴安天门冬之间具有遗传多态性,检测结果表明开发的SSR标记PCR扩增成功率和遗传多态性高。最后,开发了一个基于Web界面的芦笋SSR数据库AGSSR,收录和注释全基因组的SSR,并提供了查询界面,网址为http://asparagus.jxaas.ac.cn。