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脂肪肝是奶牛围产期重要的代谢疾病,其发生与奶牛的饲养管理、营养和遗传等因素相关。患脂肪肝后,由于肝功能障碍,影响奶牛的消化功能,并容易伴发胎衣不下、生产瘫痪、子宫内膜炎等疾病,引起奶牛免疫力低下、产奶量下降,产犊间隔延长,淘汰率增长,造成严重经济损失。因此,亟需提升奶牛群体的脂肪肝抗病性,培育优质的抗病品种。本研究对399头奶牛的脂肪肝性状进行全基因组关联分析,以期筛选出奶牛脂肪肝抗性SNPs和抗病候选基因,为奶牛分子遗传育种提供一些基础数据。选取20头年龄胎次相近,健康状况相同的荷斯坦奶牛,连续采集产前产后共5个时间点血清样本,检测NEFA、Glu、AST的含量,利用Reid(1983)提出的Y=-0.51-0.0032NEFA+2.84Glu-0.0528AST诊断方程判断奶牛脂肪肝患病情况,发现产后第10天,奶牛脂肪肝疑似发病率最高,同多个研究结果一致,因此将产后第10天作为全基因组关联分析试验的采样时间。采集454头奶牛分娩后第10天的血清样本,检测NEFA、Glu、AST、TG、TCHO、ALP的含量,根据Reid(1983)方程计算的Y值将奶牛分组,选取脂肪肝易感组(case)和脂肪肝抗性组(control)共399头奶牛,基于case-control的设计进行奶牛脂肪肝性状的全基因组关联分析。同时,将测定的生化指标转化为服从或近似服从正态分布的统计量,作为连续性状通过一般线性模型进行全基因组关联分析。对荷斯坦群体和总群体脂肪肝抗病性状进行全基因组关联分析,经染色体水平的Bonferroni校正(p<0.05),各发现4个SNPs达到染色体的显著性水平,筛选到1个相同显著性的SNP位点。对AST、Glu、NEFA指标进行全基因组关联分析在荷斯坦群体和总群体中分别筛选到6/12,0/1,6/6个染色体水平的显著性SNPs。距离这些显著性SNPs较近的基因中,VRK1、SLC24A4、RGS2、C9、ZGRF1与肝脏疾病发生、糖类代谢、脂肪代谢以及炎症和免疫反应相关,可能参与了奶牛脂肪肝形成过程,但是否是奶牛脂肪肝抗病性的候选基因,还需进一步的功能验证。本研究完成了对奶牛脂肪肝抗病性的全基因组关联分析,并筛选出与奶牛脂肪肝易感性和抗性相关的7个显著性SNPs,与血清AST、Glu、NEFA含量相关的17个显著性SNPs,5个可能的抗病候选基因,为下一步基因功能的验证与分析提供了一定的基础。同时,为遗传研究的标记辅助选择(MAS)提供了一些SNPs数据。