事业单位作为国家为公益目的而设立的一种特殊的社会组织，作为为公众提供公共服务的社会组织，其对公共资源的利用情况日益受到人们的关注。事业单位绩效审计作为绩效审计的一个分支，在国家的公共事务管理中占有重要的地位，为了事业单位绩效审计科学有效的实施，本文旨在建立一套科学合理且行之有效的评价指标体系用于事业单位的绩效审计。本文首先对绩效审计及事业单位绩效审计的有关理论进行概述，在分析事业单位绩效审计方法的基础上指出采用评价指标体系来对事业单位的绩效审计进行评价，然后从事业单位的特征入手，通过对事业单位绩效审计的特点和目标进行分析，确定指标体系的构建原则，以该原则为基础对事业单位绩效审计的指标体系进行设计，该指标体系包括共性指标和个性指标两个维度，分别选取了教育、科技、卫生三个典型领域的事业单位进行个性指标的设计。最后，对指标体系中的具体指标的度量进行说明，在此基础上完成指标的综合，同时通过调查问卷的方法得出各个指标的权重。