在内陆区，由于干旱的气候条件、特殊的地形地势以及迟缓的科技发展，水资源短缺问题和土壤盐碱化现象往往同时存在。在一些土地资源缺乏、土壤盐碱化严重的地区，随着农业用地的扩大与盐碱化土地的利用，用水不合理与土壤次生盐碱化的产生，使这种节水与脱盐用水之间的矛盾更加突出。本文针对盐碱化地区农业发展中，改良与治理土壤盐碱化的同时须高效利用水资源的问题，将新疆阿克苏地区阿瓦提县丰收灌区作为典型区，对农田小系统中灌溉、排水、盐分运动进行了研究。“盐随水来，水去盐留”，本文在研究中，将水、盐作为一个整体，微观上，在分析水分的走向和转化的过程中，分析盐分的分布与运移；宏观上，在将灌溉水系统、地下水系统、土壤水系统和排水系统相结合的基础上，结合灌区监测资料，分析灌区内总体的盐分转移情况。本文利用国内外目前先进的地下水数值模型MODFLOW和土壤水一维数值模型HYDRUS对农田中的水盐运动进行模拟，分析了灌溉引水、地下水位、土壤质地等特征因素对土壤盐分、作物长势的影响，特别是灌溉水量和冬季灌水量在土壤表层和根系层盐分积累中的作用。本文以作物耐盐能力和地下水位作为两个控制指标，通过完善排水系统，数学模型模拟分析，确定了较为合理的灌溉、脱盐和满足作物生长的用水量，有效的排水规划方案，为土壤盐碱化地区改良土壤、有效利用水资源提供了科学参考。