【摘 要】
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目的通过TCGA数据库筛选出乳腺癌差异表达基因ESRP1（Epithelial Splicing Regulatory Protein 1）,本文旨在通过生物信息学研究ESRP1在乳腺癌中的表达、临床相关性及生存分析,并通过临床样本验证其在乳腺癌中的表达及临床相关性。方法通过R语言工具对TCGA数据库下载的数据进行处理,应用Wilcoxon秩和检验和Wilcoxon符号秩和检验分析ESRP1在非配
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目的通过TCGA数据库筛选出乳腺癌差异表达基因ESRP1（Epithelial Splicing Regulatory Protein 1）,本文旨在通过生物信息学研究ESRP1在乳腺癌中的表达、临床相关性及生存分析,并通过临床样本验证其在乳腺癌中的表达及临床相关性。方法通过R语言工具对TCGA数据库下载的数据进行处理,应用Wilcoxon秩和检验和Wilcoxon符号秩和检验分析ESRP1在非配对样本和配对样本内的表达情况。采用Kruskal-Wallis检验和Wilcoxon符号秩和检验分析ESRP1表达与临床病理特征的关系,使用Kaplan-Meier法评估影响预后的因素。使用KEGG的基因集展开基因富集分析,之后利用STRING数据库建立蛋白质相互作用网络（PPI）,通过Cytoscape工具对关键基因进行筛选,两基因所存在的关联性主要采用Pearson’s相关性分析。本研究收集和整理了本院行手术治疗乳腺癌石蜡标本30例和与之匹配的癌旁正常组织标本30例,采用免疫组织化学染色方法,验证ESRP1在乳腺癌组织及癌旁正常组织中的表达情况和临床相关性。结果通过TCGA数据分析得出结果:1、ESRP1在乳腺癌组织中的表达明显高于乳腺正常组织,差异有显著性（P<0.001）;2、Kaplan-Meier生存分析显示ESRP1的高表达患者的总生存（OS）、无复发生存（RFS）、进展后生存期（PPS）及无远处转移生存期（DMFS）均显著低于ESRP1低表达者（P<0.05）;3、ESRP1的表达与乳腺癌TNM分期显著相关,II期患者ESRP1的表达明显高于I期患者,差异有统计学意义（P<0.05）。N2期患者的ESRP1表达高于N1期患者,差异有统计学意义（P<0.01）。ESRP1在乳腺癌中的表达与乳腺癌分子分型有显著相关性,ESRP1在TNBC型乳腺癌和HER-2过表达型乳腺癌的表达明显高于Luminal型乳腺癌,差异有统计学意义（P<0.01）。ESRP1的表达与组织学类型有显著相关性,ESRP1在浸润性导管癌中的表达要高于浸润性小叶癌及混合型癌的表达,差异有统计学意义（P<0.001）。ESRP1的表达与乳腺癌患者的年龄及绝经状态无显著相关性（P>0.05）;4、PPI网络构建HUB基因筛选:SRSF1可能为ESRP1相似功能基因;5、GO富集分析显示ESRP1定位于细胞核内,参与RNA聚合;6、GSEA富集分析结果提示过表达ESRP1主要参与细胞周期、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、核苷酸代谢、泛素介导的蛋白质水解、P53信号通路、糖酵解糖异生,而使的ESRP1的表达涉及代谢相关通路。通过临床样本验证得出结果:1、免疫组化染色结果显示ESRP1在人乳腺癌组织中高表达83.3%（25/30）,癌旁正常组织中呈现低表达或缺失16.7%（5/30）,差异有统计学意义（P<0.001）;2、临床相关性分析结果显示ESRP1的表达与乳腺癌分期、淋巴结转移、不同分子分型及病理类型均无显著相关性（P>0.05）。结论1、ESRP1在乳腺癌组织中呈高表达,尤其在浸润性导管癌、有腋窝淋巴结转移、TNBC及HER-2过表达型乳腺癌患者中,高表达者预后差,ESRP1可作为乳腺癌患者不良预后潜在指标;2、SRSF1为ESRP1相似功能基因,ESRP1可通过相关代谢通路影响乳腺癌的发展;3、临床样本验证ESRP1在乳腺癌中表达水平高,但临床相关性分析无显著差异。
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