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本研究利用RNA-seq技术对就巢期和产蛋期的番鸭卵巢进行转录组测序,并结合生物学信息技术对各测序文库中的mRNA和lncRNA进行鉴定和分析,主要结果如下:1.通过观察番鸭卵巢组织切片,发现产蛋期卵巢中的原始卵泡均匀地分布在皮质浅层,皮质内部初级卵泡和次级卵泡数量丰富,成熟卵泡突出卵巢表面;而就巢期卵巢中的原始卵泡密集地、不规则地分布在皮质浅层,皮质内部有多个不同发育阶段的闭锁卵泡。2.6个RNA测序文库共获得约62M（million）的Raw Reads,共产生89.43Gb（gigabases）的数据,其中97.14%的Raw Reads作为高质量的Clean Reads被保留下来,各样品Q20碱基百分比大于或等于96.87%。与参考基因组比对,样本的平均比对率约为51.18%。3.番鸭卵巢转录组测序分析共获得334个差异表达基因。以产蛋组为对照组,就巢组有58个上调表达基因和包括IGF-I、PGR和PLCβ等在内的276个下调表达基因。GO注释发现,这些差异表达的基因与多细胞生物进程、结构发育、细胞物质交换和离子交换等有关。KEGG注释富集到80条KEGG通路中,可能参与调控番鸭就巢的信号通路包括:卵母细胞减数分裂（oocyte meiosis）、GnRH信号通路等。4.产蛋组平均筛选到11150条lncRNA转录本,就巢组平均筛选到1 1619条转录本。番鸭卵巢lncRNA的外显子个数平均为2.5个,开放阅读框（ORF）的平均长度为70.08nt,转录本平均长度为502.13nt。5.番鸭卵巢lncRNA测序分析共获得36个差异表达的lncRNA。以产蛋组为对照组,就巢组有25个下调表达基因和11个上调表达基因。差异表达的lncRNA靶基因KEGG富集结果显示,cis作用调控的靶基因主要富集到Wnt通路（Wnt signal pathway）和卵母细胞减数分裂等相关通路;trans作用调控的靶基因主要富集到粘着斑（Focal adhesion）和细胞骨架调节（Regulation of actin cytoskeleton）等与细胞增殖相关通路。差异表达的lncRNA的靶基因与番鸭多种生理过程相关,提示这些差异表达的lncRNA可能参与番鸭的就巢过程。此外,我们发现2个差异表达的lncRNA:TCONS 01271971和TCONS01559410,分别靶定到已知与就巢相关的VIP和FSHβ基因上,并且TCONS01559410只在就巢期表达。