腐乳作为一种常见的发酵豆制品,其工业化生产已基本成熟。目前有大量关于在纯种发酵水平上优化腐乳工艺及其发酵风味的研究报道,对自然发酵腐乳的研究很少。但就实际情况来看作坊式自然发酵的生产方式仍存在且普遍,由于腐乳发酵过程中微生物多样性的存在,且微生物间的作用较复杂,加之生产加工环境和操作人员的不可控性,这种生产方式会导致腐乳的产品质量得不到很好的监测和把控。针对这一现象,本研究对市场上的自然发酵腐乳进行微生物群落组成和分布、菌落结构演替变化、生物胺生成情况和相关理化指标变化的研究,以期为自然发酵腐乳的监测评估和品质改善提供理论依据,得出的主要结论如下:（1）市场上采集的每个自然发酵腐乳样品都有自己独特的微生态环境,即使是同一地区的样品也会存在差异,不同样品中微生物群落构成略有不同,说明生产环境和生产工艺等多方面因素会对腐乳微生态的形成造成一定的影响,但各个样品之间有相似的群落组成,同时某些样品中也有自己独有的菌群。所有样品中共有的细菌属有19个,共有的真菌属有5个,其中有一些是常在发酵食品中被检测出来的菌属如不动杆菌属（Acinetobater）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽孢杆菌（Empedobacter）、肠球菌（Enterococcus）、乳球菌属（Lactococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、假单胞菌属（Pseudomonas）、链球菌属（Streptococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、曲霉属（Aspergillus）、节担菌属（Wallemia）等。同时有一些在腐乳中不常见的菌群存在如窄食单胞菌属（Stenotrophomonas）、双足囊菌属（Dipodascus）等。某些样品中有志贺氏菌这类有潜在危害的菌群存在,说明自然发酵腐乳的卫生条件值得引起重视。（2）在腐乳自然发酵的过程中,微生物的群落组成随着发酵时间的推移而改变,不同阶段的微生物组成有显著的差异,发酵第一阶段,主要存在的细菌是不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,主要存在的真菌是久浩酵母属（Guehomyces）、假丝酵母属（Candida）;第二阶段主要存在的细菌是类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,主要存在的真菌是久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;第三阶段主要存在的细菌是乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,主要存在的真菌是链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。不动杆菌属、乳球菌属、假单胞菌属、类香味菌属、丛毛单胞菌属是贯穿于整个发酵进程的微生物。各个阶段的真菌群落数量相对细菌来说都更少,不同阶段占主导地位的菌群不同,有些菌属只存在于后面的阶段,说明在发酵过程中有新的物种出现,有的菌属在前面阶段中占比较大,但随着发酵的进行丰度变小。整个过程中既有利于发酵的菌属,也有可能会影响产品质量的菌属。（3）不同自然发酵腐乳样品在水分、总酸、氨基酸态氮和生物胺含量及p H值方面有显著差异,说明腐乳样品的质量不一。所有样品中都检测到了生物胺的存在,除了5个样品中未检测到亚精胺,其余种类生物胺的检出率为100%,腐胺、尸胺和组胺是检出含量最高的三类生物胺,苯乙胺、亚精胺和精胺是检出含量最低的三类生物胺,所有样品的总胺含量均在1000 mg/kg以下,但毒性较强的组胺在自然发酵腐乳中的含量偏高,均超过了100 mg/kg,这对腐乳的食用安全性造成了一定的影响。腐乳样品中生物胺的构成和分布有明显的地域性,不同地区样品里的生物胺含量差别较大。（4）腐乳样品中各理化指标与各类生物胺含量之间的关系通过Pearson相关性分析可知,总酸与酪胺（0.714）有极显著正向关性,氨基酸态氮与腐胺（0.865）、尸胺（0.95）、酪胺（0.721）存在极显著正相关性,尸胺与腐胺（0.911）和酪胺（0.812）存在高度正相关。（5）自然发酵腐乳前酵过程中,水分含量下降了7.93%,蛋白酶活升高了13.41 U/g、总酸含量增加了0.777 g/100g、氨基酸态氮含量增加了0.423 g/100g,硬度下降了75%、弹性下降了10.63%、胶黏性下降了78.11%,明度降低,红度和黄度升高,菌落总数在10~5 CFU/g～10~9 CFU/g之间。