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马尾松(Pinus massoniana)是我国南方最主要的优质针叶用材树种之一,其用材林面积居全国首位。目前,已有多种分子标记技术用于马尾松遗传多样性评价,但尚无基于马尾松转录组序列的共显性遗传标记,无法满足分子标记辅助育种的需要。为了全面解析马尾松种质的遗传信息,利用转录组数据开发SSR标记,是较为经济高效的DNA分子标记技术。本文在马尾松转录组测序的基础上,分析了转录组序列中的分布类型及特征,设计合成SSR引物,开发出共显性标记,并对143份种质的遗传多样性、亲缘关系、群体内和群体间分化程度、群体遗传结构等开展了系统研究,旨在为马尾松种质资源的收集、保存和遗传育种提供参考。主要结果如下:1)自主开发了基于马尾松转录组测序的SSR引物。在获得的70,896条基因簇(Unigene)中共检测出3,329个SSR位点,分布在3,074条Unigenes上,发生频率为4.69%,平均距离为20.94 kb。转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,优势重复基元分别是A/T、AAG/CTT、AT/AT。设计合成的200对引物中引物扩增率为78.5%,引物目的片段长度在100-500 bp之间。2)检测了马尾松SSR位点的遗传多样性。24个SSR位点的多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)为0.703,引物指数(Marker Index,MI)为4.530,解决能力(Resolving power,Rp)为2.35。根据PIC值的高低,24对引物的多态性高低为:Pms164>Pms142=Pms184>Pms114>Pms122>Pms134>Pms109>Pms165>Pms120>Pms190>Pms130>Pms22>Pms107>Pms117>Pms126>Pms54>Pms65>Pms13>Pms55=Pms77>Pms49>Pms88>Pms97>Pms33。多态性指标显示,获得的SSR位点多态性较高。3)构建了种质的DNA指纹图谱。最优引物组合(Pms164和Pms184)可将27份无性系完全区分开,构建了相关指纹图谱和人工绘制植物种质鉴别图(Manual Cultivar Identification Diagram,MCID)图。指纹图谱和多态性指标说明基于马尾松转录组序列设计的SSR引物具有高多态性潜力,利用较少的引物就获得了丰富的遗传信息,基于转录组信息开发SSR标记是可行的。4)马尾松群体内遗传多样性研究表明,24对引物对143份种质共扩增出141条多态性条带,多态百分率(PPL)为100%,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.5992-1.4554,Nei’s遗传多样性(H)为0.4090-0.7344,观察杂合度(Ho)为0.2630-0.5895,平均期望杂合度(He)为0.4105-0.7370,表明马尾松种质资源的遗传多样性较为丰富。UPGMA聚类图显示,所有种质的遗传相似系数在0.45-1.00之间,以相似性系数0.64为阈值时,可将供试材料分为3大类,第?大类聚集了都匀林场和漳平林场的全部速生无性系及漳平的红心材;第??大类包含广西南宁的43个速生无性系;第???大类均为高产脂马尾松。以0.73为阈值时,所有供试材料可分为10个亚类,主要将都匀和漳平的速生性种质按种源地进行聚类。从整个聚类图来看,基本按种子园地域划分为贵州都匀、福建漳平和广西南宁三类,其次以材性进行聚类。5)群体间遗传多样性结果显示,Nei’s遗传多样性(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.48-0.56、0.79-0.94,贵州都匀速生种质(FG-DY)的遗传多样性最高,广西南宁高产脂(HYR-NN)的最低。观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.4517、0.5483。除漳平速生性(FG-ZP)外,其余5个群体的平均期望杂合度(He)均高于观察杂合度(Ho)。居群间遗传相似系数以0.22为阈值时,6个群体可划分为3类,都匀速生(FG-DY)为第?类,漳平高产脂(HYR-ZP)和南宁速生(FG-NN)聚在第??类,漳平红心材(RW-ZP)、速生性无性系(FG-ZP)与南宁高产脂(HYR-NN)聚为第???类,速生资源按种源地分别聚在了第?、??、???类里。其中,福建漳平红心材(RW-ZP)与速生(FG-ZP)间遗传距离最近,漳平速生(FG-ZP)与南宁高产脂(HYR-NN)的距离最远。AMOVA分析表明,供试材料中93%的遗传变异来自于群体内,7%的遗传变异来自群体间。群体间遗传分化程度(Fst)为0.084,分化程度中等。基因流(Nm)为2.727,能发挥均质化作用。群体近交系数(Fis)为-0.2013,群体中杂合体过量。等位基因丰富程度(AR)为2.6545。6)Structure群体遗传结构分析显示,当K=3时,供试种质的最佳遗传结构被分为3个集群,集群1主要由类群FG-DY、RW-ZP和FG-ZP组成,集群2主要由FG-NN组成,集群3主要由HYR-ZP和HYR-NN组成。3个集群内混杂程度相对较低,但都匀速生(FG-DY)和漳平红心材(RW-ZP)两个类群间混合程度相对较高,群体间的遗传物质交流相对较多。所有供试材料中仅8个(5.6%)种质的Q值小于0.6,大部分种质亲缘关系单一。7)由单个种质聚类分析、PCA主成分分析、群体间AMOVA分析以及Structure群体遗传结构结果均表明,不同地理环境在种质群体进化中发挥了重要的作用,不同种质的遗传关系与材性显著相关性相对较低。