【摘 要】
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目的:基因组不稳定性是一种被广泛描述的白血病发生机制,它也在其他血液疾病向白血病的转化中起到作用。本研究将利用TCGA数据库的急性髓系白血病数据集筛选出与基因组不稳定性相关的lncRNA并通过这些lncRNA建立预后模型预测急性髓系白血病患者的预后。方法:1.利用在线数据库TCGA下载AML患者的临床特征、RNA-seq表达数据和基因突变信息数据集。2.基于基因突变假设设计计算框架,筛选出基因组不
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目的:基因组不稳定性是一种被广泛描述的白血病发生机制,它也在其他血液疾病向白血病的转化中起到作用。本研究将利用TCGA数据库的急性髓系白血病数据集筛选出与基因组不稳定性相关的lncRNA并通过这些lncRNA建立预后模型预测急性髓系白血病患者的预后。方法:1.利用在线数据库TCGA下载AML患者的临床特征、RNA-seq表达数据和基因突变信息数据集。2.基于基因突变假设设计计算框架,筛选出基因组不稳定性相关lncRNA。3.对筛选出的lncRNA进行GO功能富集分析,KEGG通路富集分析,预测其功能是否与基因组不稳定性有关。4.通过多因素回归分析构建预后模型,并通过采用Kaplan-Meier法、log-rank检验、ROC曲线等对模型进行评估检验。结果:1.从TCGA数据库中获得急性髓系白血病患者的临床特征、基因突变数据、RNA表达谱,对表达数据进行基因名称注释,同时与临床信息数据合并获得新的文件。2.基于基因突变假设设计计算框架,将患者分为基因组稳定组和基因组不稳定组,筛选出两组间59个差异表达lncRNA。3.进行功能富集分析来预测59个lncRNA所涉及的潜在功能和通路是否与基因组不稳定性相关。4.将来自TCGA数据集的AML患者被分成训练集和测试集,通过单变量Cox风险回归分析了59个基因组不稳定性相关的lncRNA的表达水平与训练集中生存时间的关系,发现了7个基因组不稳定性相关的lncRNA与AML患者的预后显著相关。并将这7个候选lncRNA与性别、年龄等共同临床特征进行多因素Cox风险回归分析。选出其中4个在多因素Cox分析中仍具有预后意义（P<0.05）且预测效果最好可以被认定为独立的预后预测lncRNA（AL031005.1、AC004381.1、AL512413.1以及LINC01436）。然后根据多变量Cox分析的系数和4个独立的预后相关的lncRNA的表达水平,构建基因组不稳定性相关的lncRNA模型（GILnc Sig）评估AML患者的预后风险。5.Kaplan-Meier分析显示低危组患者的生存结局明显优于高危组患者。对GILnc Sig进行ROC曲线分析提示该模型性能较好。结论:本研究应用了一个基于基因突变假说的计算框架来筛选基因组不稳定性相关的lncRNA,并通过将lncRNA表达谱与AML的基因突变谱和临床信息结合建立了AML患者预后模型。为更准确预测AML患者预后,以及进一步探索基因组不稳定性和AML的发病机制提供了思路。
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