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性腺在维持动物生殖系统、第二性征以及生长发育过程中起着重要作用。性腺摘除后,母鸡除了第二性征发生改变外,腹脂沉积也发生明显变化,而造成这些现象的分子机制还不清楚,本研究采用RNA-Seq测序方法,从mRNA水平探究卵巢摘除对母鸡脂肪代谢的影响。本研究分别选取白来航鸡和寿光鸡的全同胞母鸡各20对,每品种2组,每组10对,共分为4组,每对中一只做去势处理,另一只不做去势设为对照。第一组,9周龄去势白来航及其对照,第二组,17周龄去势白来航及其对照,第三组,9周龄去势寿光及其对照,第四组,17周龄去势寿光及其对照。表型观察发现；去势母鸡颈部、体侧部以及尾部长出尖细光滑的鞍羽；鸡距发育至正常公鸡水平(P>0.05)；鸡冠高度和肉垂长度显著大于正常母鸡(P<0.05),但仍然低于正常公鸡(P<0.05)；1只17周龄去势的寿光母鸡饲养至80周龄时,出现打鸣行为。血清性激素检测发现,去势母鸡雌二醇含量显著降低(P<0.01),睾酮含量显著增加(P<0.05)。解剖发现,有76.47%去势母鸡性腺部位有白色次生组织发育,其中,17.65%两侧均发育,5.88%只在左侧发育,41.18%只在右侧发育,11.76%发育成“卵睾体”,在体积较大的次生组织中存在精子结构。屠宰发现,去势母鸡腹脂沉积显著比正常母鸡少。我们选取17周龄去势的白来航母鸡和对照母鸡的肝脏组织,采用RNA-Seq技术分析卵巢摘除对去势母鸡脂肪代谢的影响。RNA-Seq结果显示,对所有能够比对上基因组的基因按padj<0.05的条件筛选,共有267个差异表达基因,其中,去势组表达下调的基因有218个,去势组表达上调的基因有49个。KEGG Pathway富集结果显示,去势组表达下调的基因主要富集致心律失常性右室心肌病、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、磷酸肌醇信号通路、肥厚性心肌病、甘油脂代谢、甘油磷脂代谢、p53信号通路等,去势组表达上调的基因主要富集在Toll样受体信号通路、朊病毒疾病、细胞溶质DNA敏感型通路、NOD样受体信号通路、脂肪因子信号通路、幽门螺杆菌感染进程中上皮细胞信号通路、B细胞受体信号通路、细胞凋亡等信号通路。差异基因KEGG Pathway富集结构显示,去势后差异表达基因多与炎症反应和脂肪代谢相关。本研究发现,去势母鸡中参与磷脂酸合成过程的酶基因、脂肪酸酯化相关基因、载脂蛋白基因以及磷脂酸水解的基因,如AGPAT2、PLD、PLCXD3、DGKE、DGKQ、FABP3、APOB、LPPR5均下调2倍以上,参与甘油磷酸化的基因,如GK5上调2倍以上。另外,脂肪代谢与炎症反应存在相关性。本研究找出了受卵巢摘除影响的与脂肪代谢相关的基因,为进一步研究家禽脂肪代谢机制提供了参考依据。