为解决资源型城市因资源优势弱化状况下更好地实现资源型城市转型,本文将转型契机放在资源型城市创新系统构建方面。本文从系统思维的视角,将区域创新系统理论融入到资源型城市转型的范畴,应用自组织理论和系统动力学理论分别从宏观和微观角度对资源型城市创新系统运行机理进行研究。首先根据现有的资源型城市和城市创新系统理论研究的基础上,论述了资源型城市创新系统构建的意义和系统具有的特征,并根据己有研究成果界定资源型城市创新系统为以下四个子系统：创新环境、创新主体、创新资源和创新目的子系统,深入分析了资源型城市创新系统的构成要素与运行机理。其次在分析系统对创新资源整合形成过程及创新系统演进过程的基础上,从资源型城市创新系统的结构中总结出系统具有的自组织特性,结合生命周期理论,提出了资源型城市创新系统的生命周期模型,论述了资源型城市创新系统生命周期的发展阶段,运用自组织理论从系统整体的角度阐述了系统分别处于初创阶段、成长阶段、成熟阶段及分化阶段的自组织演进机理,得出可以通过创造条件实现资源型城市创新系统自组织有序化运行的结论。最后采用理论与实证分析相结合,利用系统动力学理论依照建模步骤,建立了资源型城市创新系统动力学模型,并结合处于成熟发展阶段的煤炭资源型城市鄂尔多斯的实例,利用鄂尔多斯市2001-2011近11年的数据模拟和检验已建模型。经过反复对模型进行修改和调试,通过了历史性检验。在验证模型有效性之后,对系统进行灵敏度分析与测试,得到影响鄂尔多斯市创新系统发展较大的因素有政府对研发投入力度和专业技术人才数量两方面,并据此给出促进鄂尔多斯市可持续发展的建议。最后总结全文,论述文章的创新点和今后研究的方向。