预算管理体系作为一种较为有效成熟的企业内部控制方法，实现对公司业务流、信息流的整合，对企业战略规划目标、控制日常活动、分散经营风险，以及优化资源配置具有重大意义。研究机构及科技项目与企业及其内部的生产或营销过程有着很大的差别，本论文基于全面预算管理与内部控制理念，研究科研机构及科技项目管理问题，以提高科研机构的活力和持续发展能力。　　本论文从全面预算管理的相关理论与文献评述开始，研究了我国科研体制与经费管理现状，通过查阅和对文献的比较分析与归纳，提出了研究项目运作机制存在的问题，包括评审制度的缺陷、思想浮躁导致的工作不细致、控制与创新的矛盾与冲突等，在此基础上研究了科研机构及项目的预算管理的实施方法与模式，主要研究了预算管控与创新的矛盾化解、经费使用的有效性和考核的年度预算与项目预算的协调等。论文最后以电力科学研究院为例进行实证研究。论文提出了克服预算管控与创新的矛盾、发挥预算管理的协调、资源共享的作用，提高经费使用的有效性的观点。得出了加强“顶层设计”的纲领作用，完善监督与激励制度措施，实现全员参与、注重创新的“落地”以实现创新的结论。　　正是因为科研机构与企业有较大差异，所以在科研机构及其科研项目的预算管理方面还有很多需要深入研究的内容，科研机构的根本任务就是科技创新，而科研机构又是人才济济，要在预算管理的框架下保持持续创新，对人的因素的研究与开发是有很大空间的。