新型农村合作医疗是由政府组织、引导、支持,农民自愿参加的农民医疗互助共济制度。自2002年试点推行以来在我国取得了较为良好的成效,但是也暴露了一系列的问题并对新农合制度可持续发展早就较大影响。因此,我们需要对新农合的风险进行有效识别识别、评估和应对,做好新农合的风险管理研究。我国新农合制度发展阶段中面临的主要风险包括:制度漏洞风险、操作风险、超支风险和系统风险等。制度漏洞风险和操作风险是新农合制度早期试点推行阶段的主要风险。新农合制度逐渐完善后,按项目付费的支付方式下新农合基金补偿总额快速增长,新农合超支风险非常严重。在此背景下,各地开始实行多种支付方式改革管理超支风险。支付方式改革中预付制对于超支风险的管理的确卓有成效,但仍然存在其自身特有的系统风险。本文利用博弈论模型等工具对不同支付方式下的风险产生的机理进行了深度研究,进而进行有效的新农合风险识别。在风险识别的基础上,我们利用安徽省新农合的实际数据对不同支付方式改革下进行了风险评估。最后利用MATLAB进行计算实验,对各种可行政策的结果进行模拟分析和检验,提出了风险应对的最有策略。我们认为预付制改革主要风险是系统风险,而系统风险是由预付制催生的更加严重的医疗资源不均衡造成的。预付制的系统风险主要包括:(1)整个系统医疗费用支出仍会较快上涨,而参合农民个人承担上涨的大部分:(2)基层医疗机构病患资源流失,医疗资源浪费;(3)高层医疗机构低效运行;(4)新农合管理机构需要更多的治理成本。为了控制预付制下的系统风险,通过计算实验检验,强制推广单病种付费和基药使用范围、对基层医疗机构进行诊疗人数适当补贴、调整不同医疗机构的补偿比例等方式是目前应对新农合系统风险中最为有效的几种方法。