槲寄生毒肽基因的筛选、克隆及功能的研究

来源 :哈尔滨师范大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:kfanffvga
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本文以采摘于小兴安岭地区寄生在柳树上的红果槲寄生作为实验材料,利用分子生物学中基因筛选克隆的原理获得大小约为138bp的槲寄生毒肽基因序列,通过分子生物学鉴定方法和序列分析软件DNAMAN5.0、CLUSTAL2.0.10、ClustalW多重序列比对平台对该序列翻译后的氨基酸序列和目前已知槲寄生毒肽氨基酸序列进行同源性分析,根据蛋白分类和物种进化分析结果表明新序列与已知序列之间有高度同源性,初步认定该序列即为槲寄生毒肽基因序列,并命名为VISCOTOXIN。本论文主要利用生物信息学分析方法对所获得序列的结构和功能进行全面分析预测。首先是对该槲寄生毒肽序列结构的预测,通过Pfam数据库中同源家系Thionin的保守结构域信息分析得到序列结构域比对结果,又利用APSSP2对该序列功能域空间结构即二级结构进行了预测,预测结果如下: 1-7aa、12-23aa、35-46aa为卷曲结构,8-11aa、24-27aa、29-34aa为螺旋结构,其主体卷曲、螺旋结构与数据库中已知的槲寄生毒肽的主体结构相似。其次是基于结构预测结果对该槲寄生毒肽序列具有的功能进行分析预测。通过NCBI非冗余数据库PSI-BLAST、KOGS数据库直系集群分析、Pfam结构域数据库中结构域家族信息分析、SCOP数据库中对结构和进化关系的分析、利用VAST搜索结构邻居数据和在MMDB数据库中3D结构和结构域家族及相关配体分析等,确定该序列与其同源家系成员具有共同的保守结构域。其中VAST输出结果viscotoxinA2和viscotoxinA3的功能注释信息为本研究中对该序列生物学功能的预测即注释转移过程提供可靠论证依据。通过以上分析最终完成由结构指导的序列比对和系统发育分析,证明该序列与已知白果槲寄生毒肽序列之间存在同源关系,并提取同源信息及GO中的功能注释信息最终据赋予该序列生物学功能——细胞毒性作用。最后对该序列进行诱导表达和细胞毒性分析,通过实验结果证实该槲寄生毒肽序列经过诱导表达后对肿瘤细胞有一定的杀伤作用,并随剂量的增加其杀伤作用明显,以上结果为今后的进一步研究提供了良好的理论与实验证据。
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