棉花是重要的经济作物,是天然纤维的重要来源之一,同时也是重要的食用油料作物。棉花最重要的两个栽培种陆地棉和海岛棉的产量占到棉花总产量的97%以上。陆地棉由于其广泛的适应能力和产量优势而得到广泛的栽培,海岛棉纤维品质优良是高档纺织品的重要来源,且具有较好的抗性。将海岛棉和陆地棉进行种间杂交,创造出品质优良且高产抗病的棉花新品种,一直是棉花育种工作者的努力方向。然而由于海岛棉和陆地棉亲缘关系较远,海陆杂交存在严重的种间隔离现象,杂交后代中分离严重,高产和优质等优良性状难以聚合,很难选育出符合人们期望的品系类型。分子标记技术的发展,为我们提供了强有力地且高效的途径来探讨种间隔离的原因。本研究在本实验室已有实验结果的基础上,通过构建不同的BC1和F2群体探讨不同杂交方式产生的雄配子选择和不同的胞质背景对棉花第2、16和18号染色体上遗传偏分离的影响。实验结果表明：在这三条染色体上,雌配子选择可能比雄配子选择导致更多的偏分离现象；用正反交产生的两个F1做父本和同一材料进行杂交构建的两个BC1群体中,分子标记偏分离的差异主要集中在第16号染色体的部分区段上；不同的胞质背景对分子标记偏分离的影响差异同样集中在第16号染色体上,并且差异比较明显；各个群体单株等位位点含量分析表明,以(E22x3-79)F1做父本构建的BC1群体比以(3-79xE22)F1做父本构建的BC1群体单株平均在第16和18号染色体上获得更多的3-79位点；以3-79为胞质背景的F2群体单株平均在第2号和16号染色体上能获得更多的3-79位点,以E22胞质背景对位点没有定向选择的趋势。F2群体的偏分离产生因素分析结果显示,配子选择和合子选择对第2号和16号染色体的影响力相同,第18号染色体的偏分离则主要受合子选择影响。本研究结果可为探明棉花偏分离染色体的遗传机理和棉花远缘杂交提供有益参考。