土地是农村最基本的生产资料,对于促进农村经济发展和维护社会稳定起着非常重要的作用。农村土地承包经营收入涉及到广大农民的切身利益,因此处理好农村土地承包经营权入股后出现的收益分配法律问题,关乎农村改革和稳定的大局。入股作为土地承包经营权流转的方式之一,其优越性和重要性逐渐凸显,然而在实践运作过程中还面临着很多问题,特别是收益分配问题,亟待通过法律制度的完善来解决。界定了农地股份合作社和经济学上收益分配的涵义,继而对农地股份合作社收益分配的基本理论进行分析,在此基础上得出农地股份合作社收益分配的基础是股权设置。股权设置是指股份公司确定股东权利的办法,股权设置主要有集体股、农户股、法人股和国家股等。对农地股份合作社的收益分配制度进行法理分析。运用西方经济学的剩余索取权理论和地权转股权理论揭示农地股份合作社收益分配的前提是可分配盈余。通过农地入股法律性质的分析,得出对债权流转说进行适当修正更符合我国当前农村实践的结论。并总结出农地股份合作社收益分配须遵循的原则：法定优先原则、村民自治原则和公平与效率原则。对我国的相关立法进行考察,分别从法律和行政法规以及地方性法规层面解析不同位阶的法对农地股份合作社收益分配的不同规定,特别是《农民专业合作社法》、《江苏省农民专业合作社条例》对农地股份合作社的不同规定。各地方有不同的实践模式,文章列举了南海模式、浙江北仑模式、上海模式和苏南模式,这些模式表明,成员收益权因土地股份合作改革产生的股东权而变得明确；土地股权化有利于农民收益权的实现；土地收益的增值最大化有利于保障入股农户的财产权益。我国农地股份合作社收益分配制度存在诸多法律问题,如农地产权不完善影响农地股权的稳定性,多种因素制约农地股份合作社的收益分配实现,农地股份合作社内部治理机制不完善等,并分别提出对应的策略。在相关研究的基础上提出构建多层次的监管体系和有效的监管模式,进行针对农地股份合作社的专门立法。在监管模式中不仅需要合作社内部的监督机制,也需要来自政府、社会的外部监管,其中内部监督包含监事会的监督和民主理财小组的监督,外部监督包括职能部门的监督和专门机关的监督。