工业是国民经济的支柱和核心，工业经济运行效率是通向经济现代化强国的助推器。提升工业经济运行效率水平，既是改变我国工业“大而不强”现状的迫切需要，也是在科学发展观下构建和谐社会的的关键所在。目前，我国工业基础体系尚未牢固，而国际信息化时代的潮流将倒逼我国工业改革和发展，效率研究作为工业转变经济发展模式的核心内容，已成为我国工业经济领域内的前沿课题之一。本文以工业运行效率领域内的前沿理论为指导，采集2000年~2012年反映我国工业运行效率水平的面板数据，运用包络分析法分析省际间工业运行效率水平，运用主成分分析和聚类分析相结合的方法研究工业行业间运行效率状态，旨在测定和解析我国工业经济运行效率，挖掘影响工业经济效率在区域上和行业间的影响因素，探讨我国工业经济运行效率的发展模式，为促进我国工业经济运行效率水平提升提供解决方案和政策建议。研究发现：第一，我国工业经济运行效率在整体上保持较高的提升速度，在时间上呈现“波浪式”提升的特征；第二，在实证研究下，首次将新世纪里我国工业经济运行效率分解为三个区别明显的效率提升阶段；第三，工业经济效率提升过度依赖于有较强外部性特征的技术进步效率，工业企业规模效率与管理水平对效率提升贡献微薄；第四，区域工业经济运行效率呈“西高、中稳、东低”的发展状态，区域工业经济发展差距有收敛趋势；第五，重工业行业经济效益优良，市场前景广阔；第六，商品消耗速度快且具有较高技术要求的轻工业行业是目前政府和民间应当着重关注的投资方向；第七，轻工业内技术含量低、初始投入少的行业目前已处在饱和状态，经济效益相对较低，亟须科学重组以提高规模效益。