羊绒细度是评价羊绒品质和衡量羊绒价格的关键,其表型特征的本质由基因表达决定,近年来,通过高通量数据解析及全基因组关联分析,逐步筛选出羊绒细度相关性状的候选基因,但羊绒细度关键调控基因、表达量及分子调节机制尚不明确。目前经高通量测序和生物信息分析发现,非编码RNA在绒山羊品种间和品种内的不同个体皮肤、次级毛囊以及次级毛囊周期性生长发育中差异表达并调节羊绒细度相关靶基因。长链非编码RNA(lnc RNA)是一类转录本长度大于200 nt且缺乏编码能力的RNA,参与了几乎所有的生物学过程。本研究通过对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊皮肤进行RNA-seq,共得到3,084个差异表达m RNAs和93个lnc RNAs。筛选出9个羊绒细度候选lnc RNAs并进行q RT-PCR试验。对被lnc RNA调节且在绒山羊皮肤中差异表达的NFKBIA基因进行ce RNA网络调控分析,获得靶基因mi RNAs进行荧光定量PCR试验,最后得到羊绒细度关键候选基因NFKBIA。对1,104只辽宁绒山羊NFKBIA基因CDS区SNP测序获得羊绒细度关键基因型G1547A(GG10)。获得的结果如下:1.羊绒细度相关lnc RNAs测序结果分析:本研究通过对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊皮肤组织RNA-seq得到reads数分别为128,989,956和146,038,848。共得到27,947个m RNAs,其中差异表达的有3,084个(P<0.05),包括2,076个上调和1,008个下调的基因;得到具有表达量的lnc RNAs有437个,其中93个为差异表达,包括43个上调和50个下调的lnc RNAs。lnc RNAs靶基因与表达的m RNAs有149个相同。GO富集分析结果主要参与了细胞组成(CC)中的中间丝和中间丝细胞骨架合成。KEGG结果表明lnc RNAs可能与鞘脂代谢有关。2.羊绒细度相关lnc RNAs荧光定量PCR检测结果:本研究通过对辽宁绒山羊粗型和细型皮肤组织中9个lnc RNAs进行q RT-PCR试验,结果表明lnc RNAs XLOC＿008679和XLOC＿011060可能对羊绒细度起正调控作用。lnc RNAs XLOC＿016109和XLOC＿010430可能对羊绒细度起负调控作用。对XLOC＿011060靶基因NFKBIA进行ce RNA网络构建,对获得的相关mi RNAs进行荧光定量PCR检测,结果显示这些mi RNAs均在LCG细型皮肤中表达量高,可能对羊绒细度起正调控作用,确定NFKBIA为羊绒细度候选基因。3.NFKBIA基因SNP检测及其与羊绒细度相关性分析:本研究通过检测1,104只辽宁绒山羊NFKBIA基因的CDS区,共发现15个SNP位点,探讨不同SNP位点与产绒性能的相关性,从多态效应,基因替换效应和胎次效应研究和分析NFKBIA基因与羊绒细度的相关性。通过试验发现,辽宁绒山羊产绒性能优良的基因型是G1547A(GG10),可能作为绒山羊产绒性能的遗传标记辅助选择指标。