长末端重复序列反转录转座子(The long terminal repeat retrotransposons,LTR-retrotransposons)是植物基因组的普遍存在的组成部分,在具有大基因组的物种中特别丰富。然而,关于全长LTR反转录转座子(FL-LTR反转录转座子)在植物基因组进化中的作用知之甚少。现在大量植物基因组测序工作完成,对于研究LTR-retrotransposons提供了数据来源。本研究主要是建立一个分析LTR-retrotransposons的流程。首先通过对各个鉴定软件的算法的深入了解,结合局部动态规划和贪心算法的优缺点,以及LTR-retrotransposons内部功能结构域,构建了LTR-retrotransposons的鉴定流程。其次,构建LTR-retrotransposons分析流程,我们从三个方面构建LTR-retrotransposons的分析流程。分别为插入基因组的年代,次级家族的保守性以及对内部捕获基因的调控研究。最后我们选取了四种单子叶植物和四种双子叶植物进行实际应用,通过LTR-retrotransposons的分析流程,LTR反转录转座子插入年代的结果表明,大多数LTR-retrotransposons插入基因组时间小于植物分化时间。次级家族的保守性分析表明,单子叶植物基因组携带更多的Gypsy类型Tat次级家族和Copia型Maxiums次级家族,而双子叶植物基因组携带更多的Gypsy类型Athila次级家族和Copia型Ale次级家族。通过对内部捕获基因的调控研究,鉴定了位于LTR反转录转座子内的基因,也称为LTR反转录转座子捕获基因(LTRCG)。从RNA-Seq数据的分析中观察到表达模式的变化。因此,FL-LTR反转录转座子的插入对于植物基因组的进化是重要的。也说明了我们LTR-retrotransposons鉴定和分析流程具有一定的实际应用性。