随着社会的不断进步,经济的高速发展,我国的国防建设也发生了巨大变化,逐步的走向现代化。承担国防建设的企业中,军工科研院所扮演着十分重要而又特殊的角色,他们随着社会的变革,经历了从计划经济下的旧体制向市场经济转变的过程,其经营模式及管理方法同过去相比,有了很大的不同。预算管理作为企业经营管理中的一个重要组成部分,随着科研院所的转型也发生了重大变化。在原先的计划经济体制下,军工科研院所基本上是以财政拨款为主要收入来源,基本上谈不上系统的预算管理,仅停留在收支平衡的预算编报上,更多的是执行政府预算的功能。随着改革的深入,军工科研院所面临的外部环境有了巨大的变化,这样就对其预算管理提出了新的要求,具体表现为：军工科研院所除了保留财政计划性中央财政预算,还要结合市场化需求编制经营预算,以及将计划拨款同市场资金运作相结合的现金流预算,这些构成了军工科研院所在现有体制下的复杂预算体系。但现有的军工科研院所预算管理水平参差不齐,许多单位没有相对完善的预算管理,这就需要我们探索出一套既能满足计划性较强的政府预算需求,又能适应市场化竞争需求的预算管理模式,以解决这些单位改革发展所面临的管理瓶颈。本文主要对目前的军工科研院所的特点进行分析,从历史背景、组织经营模式、财务管理特点等方面同企业进行对比,最终结合实例,提出一种适合目前的军工科研院所实际的预算管理体系,这个体系主要包含全面预算、资金预算、专项预算三部分,通过这三个部分有机的结合,使得预算管理在军工科研院所这样一个特殊的群体中逐步完善,更加适应其目前多元化的经营模式。