论文部分内容阅读
德州驴作为我国大型兼用品种,具有较好的肉用潜能,但缺乏相关分子遗传育种基础性研究。因此,选用与动物生长发育相关的NCAPG、DCAF16、FAM184B和TBX3作为候选基因挖掘与德州驴生长性状相关的分子标记,对于开展驴分子标记辅助选择育种研究具有重要的借鉴以及指导意义。本研究以227头德州驴为研究对象,利用DNA混池测序检测这4个基因的单核苷酸多态性;利用飞行时间质谱分型技术对混池测序发现的SNPs进行基因分型;通过分型统计结果检测Hardy-Weinberg平衡(HWE)并计算群体遗传指数,利用Haploview 4.2软件,根据SNP的位置和基因型信息进行连锁不平衡和单倍型分析;利用SPSS 24.0软件一般线性模型分析基因多态性与德州驴初生、3月龄、6月龄生长性状的关联效应。结果如下:(1)混池测序NCAPG基因第9内含子上发生T→C的转换(rs1),第11内含子发生A→G的转换(rs2),第19内含子上发现一个C→G的突变(rs4),第8内含子上存在C→G单碱基突变(rs5);DCAF16基因第2外显子的一段重复序列存在A→G的突变(rs008);FAM184B基因第7内含子上发现一个A→C单碱基突变(rs46),第18外显子发现G→A的突变(rs031);在TBX3基因中,rs7位点位于基因上游的调控区,发现一个G→A的突变,第二内含子发现一个A→G突变(rs8)。(2)基因多态性与德州驴生长性状关联分析rs1位点基因型为CC的德州驴个体初生阶段的平均尻长比CT基因型显著提高了1.03 cm(P<0.05);德州驴6月龄时TT基因型的个体与CC基因型相比,平均胸宽相差1.51 cm,达到了极显著水平(P<0.01),TT、CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P<0.05)。rs4位点的关联分析揭示了初生阶段GG基因型个体的平均胸深显著高于GC基因型(P<0.05);6月龄阶段CC基因型个体平均胸宽、管围显著高于GG基因型(P<0.05)。rs008位点关联分析结果表明:德州驴3月龄时,AA基因型个体的平均体重比GG基因型显著提高了5.33 kg,体高显著提高了2.46 cm,尻高差异同样达到了显著水平,相差1.99 cm(P<0.05);德州驴rs008位点GA基因型的平均体重比GG基因型显著提高了4.91 kg,体高和尻高显著提高了2.1 cm、1.93 cm(P<0.05);6月龄时,AA、GA基因型个体的平均体高和胸围极显著高于GG基因型个体(P<0.01),GA基因型德州驴的胸深和尻高极显著高于GG基因型个体(P<0.01),另外德州驴GA基因型的平均尻宽显著高于GG和AA基因型(P<0.05)。连锁不平衡分析表明rs1、rs2、rs4和rs5五个位点的组合基因型在德州驴群体中共有五种。关联分析结果显示:6月龄时,TTAACCCC组合基因型的个体平均胸宽显著高于CCGGGGGG基因型个体(P<0.05)。TBX3基因rs7位点关联分析结果表明:德州驴3月龄AA基因型个体平均管围显著高于GG基因型(P<0.05),GA基因型个体的尻宽显著高于AA基因型(P<0.05),6月龄GA和GG基因型个体的平均尻宽显著高于AA基因型。